Καλώς ήλθατε, αγαπητέ, και ευχαριστούμε για το ενδιαφέρον ερώτημα.
Όχι, ο συνδυασμός -ουη- δεν έχει απολύτως καμία σχέση με την άρθρωση του -ω- ως μακρού [o:] και δεν δικαιολογεί τη γραφή Μανώλης. Σε μεσαιωνικά κείμενα συναντούμε σποραδικά το όνομα ως Μανουήλης / Μανοῆλος (μανοηλᾶτον απεκαλείτο επίσης κάποιο νόμισμα επί Μανουήλ Α΄ Κομνηνού) και η συνάρθρωση -οη- /oi/ οδήγησε σε έκκρουση (δηλαδή σίγηση) του ασθενέστερου /i/ από το ισχυρότερο /o/. Το αποτέλεσμα της έκκρουσης διατυπώνεται γραπτώς με τον απλούστερο τρόπο, που είναι το -ο-: Μανόλης.
Ελπίζω οι πληροφορίες αυτές να απαντούν στην απορία σας. Ευχαριστώ.