Ναι, αυτό εννοώ.
Αφού είναι κλειδωμένα, όπως λες, δεν νομίζω ότι οποιοδήποτε αυτοματοποιημένο εργαλείο μπορεί να σπάσει αυτήν την προστασία. Όμως, τότε δεν θα έβγαινε σωστό ούτε το αγγλικό....
Ιδέα: σβήσε όλα τα στυλ και όλες τις μορφοποιήσεις από το ελληνικό αρχείο.
(Κάνε ένα αντίγραφο για να μην γίνει ζημιά. Στο αντίγραφο κάνε Sellect all text και πάτα Ctrl+spacebar).
Δοκίμασε ξανά το align.
Αν είναι θέμα κλειδώματος, υπάρχουν τρόποι, αλλά όχι νόμιμοι/νομότυποι. Αν δεν μπορείς να ζητήσεις από τον πελάτη να σου δώσει τους κωδικούς ξεκλειδώματος των Pdf, ίσως η μόνη λύση είναι μετατροπή κάθε σελίδας του pdf σε εικόνα και, έπειτα, σκανάρισμα κάθε εικόνας με ένα πρόγραμμα OCR. Μεγάλος κύκλος και πολύς κόπος.